大肠杆菌基因工程菌发酵液中杂质很多，其中有些杂质不仅直接影响产品质量和得率，同时对后续的提取和精制有很大影响，因此，在预处理时，必须采用适当方法使这些杂质沉淀，在固液分离时除去，以利于后面的提取和精制过程能顺利进行。用于大肠杆菌基因工程菌发酵液固液分离的主要是离心分离，我们采用离心机高速旋转产生的离心力来实现发酵液的固液分离，具有分离速度快、分离效率高，液相澄清度好等优点；

针对不同的固液分离要求，如用户需要的收集发酵液的上清，我们一般推荐采用碟式离心机+微滤结合，是在工业化生产中比较合适的发酵液分离设备。如用户需要的收集发酵液的菌体，我们一般推荐采用管式高速离心机，该设备菌体采收率高，菌体水分要比其他分离机出来的少，分离后的发酵液基本无菌体，分离彻底，因此在采收菌体时我们认为管式高速离心机是在工业化生产中比较合适的发酵液分离设备。